Rakenteet ja pinnat vioittuvat kosteudesta. Jos ne eivät pääse nopeasti kuivumaan, kastuneeseen materiaaliin ilmaantuu varsin pian ”hometta” – tarkemmin mikrobeja, yleensä home- ja hiivasieniä sekä bakteereja. Rakennuksen kosteus- ja homevaurioiden tunnistaminen perustuu ensisijaisesti tekniseen arviointiin, joka sisältää muun muassa rakennustietoihin perehtymisen ja kosteuslähteiden tunnistamisen, riskirakenteiden tunnistamisen, rakenteiden mikrobiologiseen arvioinnin, epäpuhtauksien kulkureittien tunnistamisen vaurioituneesta rakenteesta sisäilmaan sekä ilmanvaihtojärjestelmän toimivuuden ja puhtauden arvioinnin. Ilmeisissä, rajallisissa vauriotilanteissa, kuten pesukonevuoto, ei aina tarvita koko rakennusta koskevaa selvitystä, vaan tutkimus voidaan rajata kyseiseen vauriokohtaan tai tilaan. Mikrobikasvun toteaminen rakenteessa tai pinnalla tulee ensisijaisesti tehdä rakennusmateriaalinäytteestä, kuten on ohjeistettu Asumisterveysasetuksessa 545/2015 (Internet «http://stm.fi/documents/1271139/1408010/Asumisterveysasetus/»1) ja Asumisterveysasetuksen soveltamisohjeessa 2016 (Internet «http://www.valvira.fi/documents/14444/261239/Asumisterveysasetuksen+soveltamisohje+osa+IV.pdf/cdfaaa39-d2e5-4bd6-b9e9-6d9c0f60bff6»2). Mikrobiologinen analyysi on tarpeellinen, jos mikrobivaurio ei ole silmin havaittava. Rakenteissa ei tulisi olla mikrobikasvustoa, josta voi päästä epäpuhtauksia sisäilmaan.
Sisäilman mikrobipitoisuuteen vaikuttavat monet normaaliin elämiseen kuuluvat tekijät, erityisesti ulkoilma sulan maan aikana, lemmikkieläimet, mikrobeja sisältävien materiaalien, kuten polttopuiden ja juuresten, käsittely ja käyttäjien liikkuminen (pölyn irtoaminen ilmaan). Sen sijaan epätavanomainen sisäilman mikrobien lähde on pinnalla tai materiaaleissa oleva mikrobikasvu, jonka vaikutus sisäilmassa tapahtuvaan altistumiseen riippuu sen sijainnista, laajuudesta ja vakavuudesta, mikrobikasvuun vaikuttavista tekijöistä (muun muassa kosteus, ravinneolosuhteet, lämpötila), rakennuksen painesuhteista ja rakenteiden tiiveydestä.
Sisäilman mikrobipitoisuudet vaihtelevat suuresti ajallisesti, joten sisäilmanäytteiden ottamista ei pääsääntöisesti suositella. Sisäilman pitoisuuksien määrittäminen voi olla hyödyllistä esimerkiksi silloin, kun rakennuksen ja sen järjestelmien teknisessä selvityksessä ei löydetä poikkeavia mikrobilähteitä, mutta tilojen käyttäjien oireilu viittaa poikkeavaan mikrobialtistumiseen ja lisäselvityksiä tarvitaan. Sisäilman kohonneet sieni-itiöpitoisuudet tai poikkeava mikrobilajisto viittaa sisäilman epätavanomaisiin mikrobilähteisiin, ja lisätoimenpiteisiin lähteiden selvittämiseksi on yleensä ryhdyttävä. Ilmanäytteiden rinnalla voi toimistokohteissa analysoida pinnoille laskeutuneen pölyn mikrobimääriä ja -lajistoa. Mikrobitulosten tulkinnassa on aina huomioitava mikrobilajisto, joka ilmanäytteissä ja laskeutuneen pölyn näytteissä on usein tärkeä viite sisäilman epätavanomaisista mikrobilähteistä. Mahdolliset kohonneet pitoisuudet ja poikkeava lajisto tulkitaan vaurioon viittaaviksi, ellei muita ns. normaaleja mikrobilähteitä ole tiedossa.
Ulkoilman yleisimpiä sieniä ovat Cladosporium, Aureobasidium, Penicillium, Aspergillus, hiivat ja steriilit sienet. Nämä ovat pieninä määrinä esiintyessään yleisimpiä myös materiaali-, pinta- ja ilmanäytteissä. Ns. kosteusvaurioindikaattorimikrobit ovat vauriorakennuksissa tai vaurioituneissa materiaaleissa todettuja mikrobeja, joita harvemmin esiintyy vaurioitumattomien vertailurakennusten ilmanäytteissä tai materiaaleista otetuissa näytteissä, jotka vaativat yleensä runsaan kosteuden kasvaakseen. Huomattavaa on, että myös ns. tavanomaiset homesuvut voivat kasvaa kostuneilla materiaaleilla.
Indikaattorimikrobeja ovat muun muassa Aspergillus versicolor, Stachybotrys, Trichoderma, Paecilomyces, Acremonium, Fusarium, Chaetomium, ja aktinomykeetit (muun muassa Streptomyces). Mikrobinäytteiden tulkinta vaatii vankkaa kokemusta ja ammattitaitoa. Ilmanäytteistä ja niihin liittyvästä tulosten tulkinnasta on lisää ohjeistusta Asumisterveysasetuksessa (545/2015), Asumisterveysasetuksen soveltamisoppaassa 2016 (Internet «http://www.valvira.fi/documents/14444/261239/Asumisterveysasetuksen+soveltamisohje+osa+IV.pdf/cdfaaa39-d2e5-4bd6-b9e9-6d9c0f60bff6»2) ja Toimintaohjeessa työpaikkojen sisäilmasto-ongelmien selvittämiseen 2015 (Internet «http://www.julkari.fi/handle/10024/129932»3). Erilaisissa toimintaympäristöissä on erilaisia sisäilman pitoisuustasoja, esimerkiksi toimistoissa tasot ovat alhaisempia kuin asunnoissa.
Rakennuksesta otettujen materiaali-, pinta ja ilmanäytteiden mikrobiologisia tuloksia käytetään apuna epätavanomaisten mikrobilähteiden tunnistamisessa ja altistumisolosuhteiden määrittelyssä. Sen sijaan ohje- ja viitearvojen avulla ei voida tehdä suoria päätelmiä sisäilman terveydellisestä laadusta. Haitallisten altistumisolosuhteiden määrittämistä on kuvattu tarkemmin Toimintaohjeessa työpaikkojen sisäilmasto-ongelmien selvittämiseen (Internet «http://www.julkari.fi/handle/10024/129932»3).