Mycoplasma pneumoniaen ja Chlamydia pneumoniaen osoittaminen konventionaalisilla viljelyyn perustuvilla menetelmillä on hidasta ja epäherkkää eikä sovellu siksi primaariseen differentiaalidiagnostiikkaan ohjaamaan yksittäisten potilaiden hoitoa.
Nukleiinihappojen monistukseen perustuvat menetelmät ovat osoittaneet kykynsä antaa nopeita, herkkiä ja spesifejä tuloksia, ja niitä pidetään parhaana menetelmänä mykoplasman suoraksi osoittamiseksi «Daxboeck F, Krause R, Wenisch C. Laboratory diagno...»1, «Murdoch DR. Molecular genetic methods in the diagn...»2. Näitä menetelmiä on evaluoitu parissakymmenessä kliinisiä näytteitä analysoineessa tutkimuksessa, jotka ovat eronneet toisistaan muun muassa analyysimenetelmien, potilasmateriaalin ja näytemateriaalin suhteen. Asianmukaisen validoinnin ja standardoinnin puutteen vuoksi tulokset eivät ole keskenään helposti vertailukelpoisia, mutta nukleiinihappomenetelmien ja mykoplasmaserologian välillä on kuitenkin selkeä korrelaatio.
Tuoreemmissa tutkimuksissa on verrattu useita erilaisia nukleiinihappoperusteisia menetelmiä keskenään ja todettu niiden välillä erinomainen korrelaatio «Templeton KE, Scheltinga SA, Graffelman AW ym. Com...»3, «Ursi D, Dirven K, Loens K ym. Detection of Mycopla...»4. Useissa tutkimuksissa on toisaalta löydetty mykoplasma-DNA:ta potilaista, joilla ei ole havaittavissa serologista vastetta «Templeton KE, Scheltinga SA, Graffelman AW ym. Com...»3, «Murdoch DR, Anderson TP, Beynon KA ym. Evaluation ...»5. Mykoplasma saattaa kolonisoida hengitysteitä ilman varsinaista taudin puhkeamista «Murdoch DR, Anderson TP, Beynon KA ym. Evaluation ...»5.
Näyte mykoplasman osoittamiseksi nukleiinihappomenetelmillä voidaan ottaa nenänielu-imunäytteenä tai tikkunäytteenä nielusta. Nenänieluerite sisältää enemmän nukleiinihappomonistusta häiritseviä agensseja. DNA-perusteinen testi voi pysyä jopa yli kuukauden ajan positiivisena mykoplasmaan tehoavan hoidon aloittamisen jälkeen «Murdoch DR, Anderson TP, Beynon KA ym. Evaluation ...»5.
Nielunäytteen PCR-testi saattaa olla paras käytössä oleva menetelmä mykoplasmapneumonian diagnostiikassa, mutta standardisoituja toimintaohjeita ja tutkimuksia, joissa PCR-testiä verrataan muihin menetelmiin, tarvitaan lisää, ennen kuin menetelmä voidaan ottaa yleiseen käyttöön «Murdoch DR, Anderson TP, Beynon KA ym. Evaluation ...»5.
Nukleiinihappojen monistukseen perustuvat menetelmät ovat vähintäänkin yhtä herkkiä kuin klamydiaviljely, mutta menetelmien spesifisyyttä on ollut vaikea arvioida tarkoitukseen soveltuvan kultaisen standardin puutteen vuoksi «Murdoch DR. Molecular genetic methods in the diagn...»6. Eräissä tutkimuksissa on todettu ylähengitystienäytteistä saatavan useammin positiivinen löydös kuin alahengitystienäytteistä «Verkooyen RP, Willemse D, Hiep-van Casteren SC ym....»7; tämä saattaa viitata siihen, että osa löydöksistä kuvastaa pikemminkin kolonisaatiota kuin varsinaista invasiivista tautia «Murdoch DR. Molecular genetic methods in the diagn...»6. Erittäin herkkien PCR-testien ongelmana voi olla myös laboratoriossa tapahtuva kontaminaatio «Apfalter P, Assadian O, Blasi F ym. Reliability of...»8. Stardardoidun toimintaohjeen ja metodologian avulla sekä kokemuksien karttuessa «Dowell SF, Peeling RW, Boman J ym. Standardizing C...»9 saataneen lisää tietoa PCR-testien kliinisestä käyttökelpoisuudesta «Dowell SF, Peeling RW, Boman J ym. Standardizing C...»9, «Mandell LA, Wunderink RG, Anzueto A ym. Infectious...»10.