Potilaan mahdolliset perussairaudet, anamneesi, hoitovaste ensilinjan bakteerilääkkeille ja röntgenlöydös vaikuttavat osaltaan siihen, tuleeko pneumonian jatkoselvittelyyn kuulua myös esimerkiksi mykobakteeri- ja sienitautien diagnostiikkaan kuuluvia viljely- ym. tutkimuksia. Vaikeaa kotisyntyistä pneumoniaa sairaalassa hoidettaessa saattaa taudin komplisoituessa olla tarpeen suorittaa bronkoskopian ja bronkoalveolaariseen lavaation avulla otetuista näytteistä runsaastikin erilaisia mikrobiologisia tutkimuksia. Intuboidulla potilaalla näytteitä voidaan ottaa trakea-aspiraateista. Pleuriitin etiologian selvittämiseen kuuluvat pleurapunktaatista tehtävät mikrobiologiset tutkimukset.