Lasten ja nuorten melatoniinivalmisteiden käyttö on lisääntynyt huomattavasti 2000-luvun aikana. Kuitenkaan tutkimusnäyttö tavanomaisesti kehittyvien lasten ja nuorten melatoniinin käytön hyödyistä ja haitoista ei ole kovin kattavaa. Pitkäaikaiskäytön kasvavalle lapselle ja nuorelle aiheuttamat haittavaikutukset ovat puutteellisesti tutkittuja, joskaan tähän mennessä ei ole ollut viitettä vakavista haittavaikutuksista pitkäaikaiskäytössä. Toisaalta Yhdysvalloista on vuonna 2022 raportoitu 7 epäselvää 2 kuukauden – 3 vuoden ikäisen lapsen kuolemantapausta, joiden yhteydessä lapsista on löydetty ulkoisesti saatua melatoniinia kuoleman jälkeisissä tutkimuksissa. Yhdysvalloista on myös raportoitu, että melatoniini on yleisin lasten tahattomien lääkehaittojen aiheuttaja. Maissa, joissa melatoniini on käsikauppalääke ja saatavilla myös muualta kuin apteekeista (kuten Suomessa), on melatoniinivalmisteiden todellisissa melatoniinimäärissä suurta vaihtelua. Valmisteissa saattaa olla mukana myös jäämiä melatoniinin esiasteesta serotoniinista. Melatoniinin annostuksesta lapsille ei ole selvää suositusta. Yhden kaksoisokkotutkimuksen perusteella suositeltiin maksimiannosta 0,05 mg/kg ja todettiin, että isommista annoksista ei ole todennäköisesti hyötyä. Kaikista näistä syistä johtuen kansainvälinen lasten unitutkimusyhdistys (International Pediatric Sleep Association, IPSA) on katsonut tarpeelliseksi laatia konsensuslauselman lasten ja nuorten melatoniinin käytöstä.
IPSA suosittaa, että melatoniinia ei tule käyttää lapsille, joilla ei ole uniongelmia lainkaan, esimerkiksi unen "parantamiseen" tai unirytmin muokkaamiseen ympäristön vaateiden takia. Kaiken lasten ja nuorten melatoniinlääkityksen tulee olla lääkärin aloittamaa ja valvomaa. Ennen lääkityksen aloittamista tarvitaan lapsen terveydentilan ja elämäntapojen kartoitus. Unirytmi, unen määrä ja unihäiriöt pitää selvittää huolellisesti ja lapsen unta tulee seurata unenseurantalomakkeella vähintään kaksi viikkoa unettomuushäiriön asteen ja luonteen arvioimiseksi. Ennen melatoniinilääkitystä tulee nukahtamisvaikeuksiin aina kokeilla unenhuollollisia ja behavioraalisia keinoja, jotka lasten ja nuorten unettomuudessa on todettu tehokkaiksi, ja näitä hoitoja tulee jatkaa, jos melatoniinilääkitys katsotaan tarpeelliseksi. Melatoniinia ei tule käyttää tavanomaisesti kehittyneelle alle kaksivuotiaalle lapselle. Melatoniinia ei tule käyttää muiden unihäiriöiden kuin kroonisen unettomuuden ja vuorokausirytmihäiriöiden hoitoon.
Jos melatoniinihoito kaikesta huolimatta katsotaan tarpeelliseksi, vain lyhytvaikutteista melatoniinia suositellaan käytettäväksi krooniseen unettomuushäiriön ja uni-valverytmin häiriöiden hoitoon. Tavanomaisesti kehittyneiden lasten yöheräilynä ilmenevän kroonisen unettomuushäiriön hoitoon pitkävaikutteisella melatoniinilla pitää suhtautua varauksellisesti, koska tutkimusnäyttö puuttuu. Hoito aloitetaan aina pienimmällä mahdollisella annoksella sitä vasteen mukaan suurentaen. Konsensus antaa seuraavat ikäryhmäkohtaiset annossuositukset:
Lyhytvaikutteinen melatoniini suositellaan otettavaksi 30–60 minuuttia ennen haluttua nukahtamisaikaa (viimeistään kello 23). Melatoniini tulee ottaa säännöllisesti aina samaan aikaan.
Yleisestä lääkkeiden turvallisesta säilytyksestä on huolehdittava. Terveydenhuollossa on syytä aina tiedustella myös käsikauppalääkkeiden ja luontaistuotteiden käyttö. Melatoniinin yhteisvaikutukset muiden lääkkeiden kanssa tulee tarkistaa ja informoida niistä. Perheille tulee suositella käytettäväksi vain lääkevalmisteita, joiden melatoniinipitoisuudet tiedetään varmuudella. Myös netistä tilattavista valmisteista tulee varoittaa. Koska melatoniinin pitkäaikaisvaikutuksista tieto on vielä vajavaista, ei yli puolen vuoden mittaista käyttöä suositella ilman tarkkaa harkintaa. Kaikkia melatoniinia käyttäviä lapsia ja nuoria tulisi seurata säännönmukaisesti terveydenhuollossa.