Estolääkityksen valintaan vaikuttavat oleellisesti potilaan muut (sydän)sairaudet. Avohoidossa ensisijainen lääkevaihtoehto on yleensä beetasalpaaja. Varsinaisista rytmihäiriölääkkeistä itsenäisessä eteisvärinässä ensisijaisia ovat ryhmän IC lääkkeet (flekainidi). Kinidiini ja disopyramidi sopivat etenkin vagaalisen eteisvärinän hoitoon. Rakenteellinen sydänsairaus on vasta-aihe ryhmän I rytmihäiriölääkkeille. Sotalolin käyttöä rajoittaa kääntyvien kärkien kammiotakykardian vaara. Amiodaroni ja dronedaroni aiheuttavat monia sydämen ulkoisia haittoja, mikä rajoittaa niiden käyttöä. ACE:n estäjät ja angiotensiini II -reseptorin (AR-) salpaajat näyttävät estävän eteisvärinän ilmaantumista sydämen vajaatoiminnassa ja verenpainetaudissa. Suluissa olevat lääkkeet ovat nykyään saatavana Suomessa ainoastaan erityisluvalla.