Käypä hoito -suositukset laaditaan näyttöön perustuvan lääketieteen (Evidence Based Medicine, EBM) kansainvälisten menetelmien mukaisesti. Käypä hoito -työryhmien käyttämät menetelmät kuvattiin Käypä hoito -työryhmien käsikirjassa ensimmäisen kerran jo vuonna 1998. Tämän jälkeen käsikirjaa on ylläpidetty säännöllisin päivityksin. Vuoden 2012 päivityksestä alkaen käsikirja on kulkenut nimellä Duodecimin hoitosuositustyöryhmien käsikirja, sillä se soveltuu Käypä hoito -työryhmien lisäksi myös Lääkärin tietokantojen ja EBMG:n hoitosuositusten laatijoille.
Käsikirja on jaettu kahteen osaan. Nyt julkaistu osa I käsittelee hoitosuositusten laatimisen prosessia keskittyen Käypä hoito -suositusten laadintaan. Osassa I kuvataan mm. tiedonhakukäytännöt, hoitosuositustyön vaiheet sekä Vältä viisaasti -suositusten laatiminen. Käsikirjasta löytyy tietoa myös Käypä hoito -suositusten viestinnästä.
Osassa II käsitellään tutkimustiedon kriittistä arviointia: näyttöön perustuvan lääketieteen kirjallisuudessa kuvattuja tapoja arvioida kliinisistä tutkimuksista saatujen tulosten luotettavuutta ja sovellettavuutta sekä näytönasteen arviointiin liittyviä näkökantoja. Osan II päivitys julkaistaan vuoden 2020 aikana.